第一景，玛格丽特的卧房。在与浮士德一夜缠绵后，玛格丽特怀了浮士德的孩子，但浮士德却从此失去踪影。玛格丽特独自坐在窗前思念浮士德，一群村姑正好经过，她们语带讽刺地嘲笑玛格丽特：被人骗了贞操，人家都跑了，竟然这么念念不忘！席贝尔登门拜访，他安慰玛格丽特不要太过自责，并且誓言要把浮士德找到，好好教训一番。玛格丽特感激席贝尔的支持，但却婉拒了他的提议。她准备前往教堂。为肚子里无辜的孩子与浮士德祈祷。第二景，教堂。玛格丽特跪在神坛前，祈求上帝的宽恕。梅菲斯托菲勒斯则躲在暗处，率领恶灵不断干扰玛格丽特。梅菲斯托菲勒斯嘲笑玛格丽特不再是圣洁之身，并宣称地狱之门已经为她打开了，要格丽特准备下地狱吧！玛格丽特不堪其扰，终于力竭昏倒在神坛前。第三景。玛格丽特家门前。上前线出征的将士们平安归来， 其中也包括了玛格丽特的哥哥华伦丁，席贝尔上前热情迎接。当被华伦丁问及玛格丽特近况时，席贝尔闪烁其辞 ，华伦丁惊觉有异，决心查明清楚。梅菲斯托菲勒斯带着浮士德前来玛格丽特家门前，不意撞见华伦丁。此时华伦丁已得知妹妹的贞洁被浮士德夺取，决心复仇，浮士德则在梅菲斯托菲勒斯协助下，刺中华伦丁要害，并趁乱逃走。 华伦丁倒在血泊中，痛责妹妹为了一时的诱惑、竟失去自己的贞洁，并誓言永不宽恕玛格丽特， 之后便气绝身亡，只留下哀痛欲绝的玛格丽特。受了刺激而发狂的玛格丽特，竟失手杀死了与浮士德的孩子，被判处断头死刑，押在地牢中等候处决。浮士德在梅菲斯托菲勒斯的陪同下前来地牢搭救玛格丽特，但玛格丽特已经无法辨识眼前的男子是谁，任凭浮士德苦苦哀求一起逃走，她都不为所动。在高呼上帝的圣名后，玛格丽特气绝而死，此时天上传来玛格丽特被赦免的歌声，在天使们的伴随下，玛格丽特的灵魂步向天堂。