第一幕，在遥远东方的一个小国，王子塔米诺，别离家园。希望能找到解除诅咒的方法。流浪途中，在穿越日和夜的分界时，塔米诺遇到了一条凶恶的大妖龙，就在和它恶斗、力尽不支而昏迷的时候，为夜之女王的三位侍女所救。在这里塔米诺认识了一位天真快乐的捕鸟人巴巴吉诺。并从三位侍女处得知夜之女王的女儿帕蜜娜公主，被妖人萨拉斯妥拐禁在日之界。这个妖人，曾经是帕蜜娜父亲的得力助手。当公主之父过世后，他偷走了大日轮。从此日和夜便分开了。王子看到帕蜜娜的画像，顿生爱慕之心。立誓要救出公主。夜之女王把帕蜜娜许配给塔米诺，并赠给王子一支魔笛，也赠予巴巴吉诺一具魔铃，这两件逢凶化吉的法器。另派三个仙童带路，好去救出小公主。夺回大日轮，恢复世界的秩序。美貌温柔的帕蜜娜公主，不堪看守摩罗的骚扰，决心出逃却不幸失败，在挣扎中昏倒。就在这时，和王子失散的巴巴吉诺正好经过，他奇特的捕鸟装扮吓走了摩罗。巴巴吉诺告诉公主，夜之女王找到了一位英俊勇敢的王子前来救她，帕蜜娜听了好生欢喜。在三个仙童的引导下，王子塔米诺来到了日之界。那儿有三个入口，分别是慧(理性)、天(自然)、悟(智慧)。塔米诺试了慧和天，却被神秘的声音所斥回，王子并不就此而灰心，他接着走向悟，这时有一位辩者从悟走出来。辩者告诉塔米诺，萨拉斯妥并不是如王子所想的这样是一个恶魔，相反地，他是一位有大爱的圣者，正在努力恢复世界的平衡，重建人间天堂。由于夜之女王想要以迷信、仇恨和奴役来统治世界，帕蜜娜之父在死前把大日轮交给了大祭司。为了不让帕蜜娜公主受到夜之女王复仇思想的影响，所以把她留在日之界。任何人如果想要进入日之界，必须通过考验。塔米诺对辩者的话半信半疑，准备离开，但在听到神秘声音说帕蜜娜边活着时，为了救出公主，塔米诺决定接受考验。在等待中，塔米诺吹起笛子，美妙动听，林间的动物都出来共舞，令他心旷神怡，也感受了魔笛的法力。他心中想着帕蜜娜，笛声更高扬。远处传来巴巴吉诺的排笛声，王子便循声寻找。帕蜜娜和巴巴吉诺听到王子的笛声更加快脚步，同笛声的方向跑去。不巧又被摩罗率众啰喽赶上前来。巴巴吉诺情急之余，祭出魔铃。摩罗和众啰喽们从未听过这种天音，乐得手舞足蹈。与被铃声所引来的动物一起拥舞进了林间。两人才刚松了一口气。不巧又碰上萨拉斯妥出巡到来。巴巴吉诺吓得四处躲藏，公主则决定说出为何要逃跑的原因。萨拉斯妥宽恕了帕蜜娜，但还是不准她回夜之界去见夜之女王。这时辩者带领塔米诺到来，虽然素昧平生，然而俩人心有灵犀且一见钟情，立即相拥在一起，互许了终身。