第三幕，场景一：伊斯皇宫回廊上。右边是罗森的闺房。米里奥出场，口述他对罗森热烈的爱情。罗森则身穿新娘服装出场，一行人走向教堂。教堂里传出赞美诗的歌声。卡尔纳克和马格丽德相继进场，卡尔纳克要求马格丽德实践诺言，告诉他如何开放防波堤。婚礼行列自教堂步出，接着可闻恐怖的声音。国王看见马格丽德，“快跑开!”女郎叫着：“这些都是死亡之音!”米里奥带着罗森走开，国王想把马格丽德带走，可是她坚持不走。群众吓得几乎发狂，因为洪水即刻要吞噬他们。场景二：海边的一座山上。洪水涌到村庄，人民都逃到山上，可是洪水继续增涨，马格丽德告诉大家说：海王找不到它的牺牲祭品，看来它不会退潮。国王问她牺牲品是谁?马格丽德答说：“是我，我是一个罪人!”大家听了惊恐不已。混乱中，马格丽德挣脱了拦阻她的手，跑到石岩山顶上，纵身跳入海中。米里奥和罗森想去救援，圣科朗坦丁出现在他们之前，阻挡道路。两人跪下，大家亦同声祷告，于是汹涌的洪水即慢慢退去。