《管风琴交响曲》有两个基本主题：一是上行的四音符动机，首先由双簧管配上弦乐哀怨的和声，带出了缓慢的序曲，接着扩展开来，成为慢板抚慰位性主题以及终乐章里庄严如圣咏般的主题，第二个基本主题先奏出小提琴仓惶疾走的十六分音符旋律线，这个快板乐段看似伴奏，后来又以多种面貌重现——在慢板中有两种不同的变化，分别是开端的主题与谐谑曲主题，还有终乐章的副主题。管风琴庄严洪亮的声音，留到交响曲的结尾部分，当乐团欢欣鼓舞地奏出第一基本主题时，它以象征胜利的和弦应和，但此时最优美的一刻却在慢板的开端，踏瓣的音调衬托着弦乐，奏出安静而抒情的主题。