第二乐章，B小调，4/4拍。这一个乐章在整套协奏曲里面是个例外，因为这里没有了乐队的全奏部，完全由长笛，小提琴，羽管键琴三重奏。乐章的主题深沉多情，先是长笛和小提琴在羽管键琴的伴奏下形成卡农形式，而后羽管键琴加入，形成三声部的对位。乐曲当中有两者的唱和，也有三者的相互模仿，其中小提琴和双簧管常常一同歌唱，结合得天衣无缝。和第二，第四勃兰登堡的第二乐章类似，这个乐章同样显得安宁而典雅，一切都恰到好处而没有丝毫的过分，略带着忧伤，也充满了一种与生俱来的悲悯的情怀。