序幕：在短短的前奏当中幕启，舞台上是莫斯科附近的诺沃德维奇修道院的后院。刚刚死去的皇帝费奥多尔一世的摄政王鲍利斯戈东诺夫因涉嫌暗杀费奥多尔一世的异母兄德米特里，隐居在修道院里。这时，群众涌来，要求鲍利斯即皇位。鲍利斯先表示谦让，然后以国民的强烈要求为借口，接受皇位。加冕仪式之后，鲍利斯接受国民的祝福。然而，他深受良苛责，独唱：“我的灵魂感到悲伤”。第一幕：契德威修道院的僧房。老僧皮敏正在编写俄罗斯史，他写下鲍利斯暗杀德米特里然后搁笔。这时，睡在他身旁的青年僧人格里高利醒来，他从皮敏口中得知皇帝鲍利斯的秘密，而且，他探知被暗杀的德米特里如果在世，和他年龄相仿。于是，他产生了荒唐的野心，他想冒充德米特里登上皇位。紧接第二场：场面一换而为立陶宛国境附近的小客店。企图逃往国外的青年僧侣格利高里冒名德米特里，他和破戒僧瓦尔拉姆以及米歇尔一同到达客店。瓦尔拉姆正在兴高采烈地喧闹，追兵手持画像前来追捕，格利高里趁机逃走。第二幕：克里姆林宫内的一室。鲍利斯指着地图对费奥多尔说道：“如此广衰的俄罗斯国土，即将属于你”，演唱著名的宣叙调和咏叹调。这时，传来叛军消息，鲍利斯听说叛军首领名叫德米特里，不胜惶恐，他惧怕报应降临。第三幕：这一幕是后加的，与故事的主线无关。这一幕是圣米勒的波兰贵族穆尼修克的女儿和她的未婚夫格利高里的恋爱场面。第四幕，第一场：红色的广场。华西里布拉金努伊寺院前，饥民聚集，要求面见皇帝。这时，以鲍利斯为先导，贵族们鱼贯走出寺院，人们向皇帝献面包，祝福。只有一个白痴诅咒他。第二场：克里姆林宫豪华的大厅里。贵族们正在开会，商讨应付叛乱的对策。这时，有人报告，皇帝疯了。鲍利斯在众人惊恐之中出现，胡言乱语。一会儿，鲍利斯恢复平静，老僧皮敏求见，报告他已参谒了德米特里坟墓，鲍利斯昏倒。鲍利斯苏醒，自知死期来临，叫来费奥多尔，独唱著名的歌段《鲍利斯告别》，在悲伤的钟声里气绝身亡。第三场：这是这部歌剧的最后一场。在克罗米大森林里。冒充德米特里的格利高里煽动农民暴动，攻入莫斯科市内。最后，台上剩下那个白痴，他说道：“哭泣吧，你们这些民众，你们的命运就要决定了，黑暗即将笼罩大地。可悲的大地哟，你也哭泣吧。俄罗斯的人民，哭泣吧，饥饿的人民!他的话预示了俄国的未来。