《最终幻想：水晶传说》讲述的是邪恶力量夺走了3大水晶，只有风之水晶还没被夺走，主角们找到了风之水晶，进而和邪恶力量做斗争的故事。 在围绕着水晶与艾克斯迪斯战斗的200年之后，人们和平的生活着。某日，曾经拯救过世界的勇者巴兹的子孙，少女莉娜莉，感觉到风之神殿的风之水晶发生了异变。于是，青梅竹马的少年普利兹与她一起踏上了去往神殿的路途……